L’article analyse comment les travaux de recherche sur l’agriculture ou l’agroalimentaire mobilisent le concept de Système d’Innovation (SI). Un retour sur l’évolution de ce concept dans la littérature permet de proposer un cadre d’analyse qui distingue son référentiel théorique, son domaine d’application et ses usages. En partant de ce cadre, une étude bibliométrique sur les revues internationales traitant de l’innovation et de l’agriculture montre l’existence de quatre communautés de connaissance qui interrogent différemment le caractère spécifique ou non de l’innovation (et des SI) dans ce secteur. L’enjeu actuel est de favoriser les échanges entre ces communautés, en particulier entre celle qui applique sur ce secteur les approches évolutionnistes de l’innovation, et celle qui cherche à construire ses propres concepts à partir de travaux de l’économie et de la sociologie rurale.